El marco espacial de las investigaciones es Mesoamérica, un punto de partida para el cabal entendimiento de problemáticas en otras regiones. Los proyectos desarrollados abarcan una amplia gama temporal, regional y temática que va desde la investigación hasta la aplicación del conocimiento a través de sus tres Líneas de generación y aplicación del conocimiento.

La ubicación del CEQ en La Piedad ha favorecido la interrelación interinstitucional con instancias académicas, autoridades estatales y municipales en Guanajuato, Jalisco y Michoacán, lo que a su vez ha permitido la realización de proyectos con énfasis en el área del occidente mesoamericano.

Desde el 2004 el CEQ abrió su Programa de Maestría en Arqueología, el único en la región del occidente, dirigido a arqueólogos y a egresados de las ciencias sociales afines. Desde el 2007 ha sido reconocido como parte del Padrón Nacional de Posgrados de Calidad del Conacyt.